宇宙で離れ離れになったアルト達。 シェリルとミハエルは敵とともにフロンティアへ。 アルトは自力でブースターで帰還を目指す。 フランティアでは一大決戦。 シェリルのピンチに間に合わせるアルト。 そして、アルトの進言で敵母艦へランカ救出のための特攻…

シャーリーを殺されたことに怒るルルーシュ。 教団もろともロロを葬ろうとする。 教団での激戦の末、V.V.を追い詰めるが… 前回のラストで、妹のために我を忘れ騎士団の崩壊を招いたが、またも同じ過ちを犯しそうになっている。 第2期も折り返し地点を過ぎた…